הלימודים כוללים את מקצועות המדעים שהם הכרחיים בתחום הנדסת המזון כמו: מתימטיקה, פיזיקה, אנגלית, כימיה ומחשבים. ניתן ללמוד לתואר ראשון בהנדסת מזון באוניברסיטאות ובמכללות השונות בארץ.
מסלולי הלימוד הם שונים בין המכללות לאוניברסיטאות והלימודים לתואר ראשון במקצוע הנדסת מזון הם תובעניים ונמשכים כארבע שנים ניתן ללמוד הנדסת מזון דם במסגרת תעודת הנדסאי שהם נמשכים כמו תקופת הלימודים לתואר ראשון.
ישנה אף אפשרות נוספת והיא תעודת הנדסאי עם התמחות במזון כלומר טכנולוג מזון.
את מסלול ההנדסאים, ניתן למצוא בהרבה מכללות שונות.
גם באוניברסיטה העברית בירושלים ניתן ללמוד הנדסת מזון לתואר ראשון וזהו מוסד אוניברסיטאי נחשב.
אחד המוסדות המבוקשים זה הטכניון בחיפה שגם שם תנאי הקבלה הם גבוהים אבל מי שלומד הנדסת מזון בטכניון יש לו עדיפות והוא יכול למצוא מקומות עבודה איכותיים במיוחד.
בהרבה מקרים המוסד בו לומדים הסטודנטים את מקצוע הנדסת המזון הוא חשוב. ישנן מכללות בהן ניתן ללמוד את תחום הנדסת המזון, התואר הינו אקדמי והלימודים יהיו יקרים יותר, תנאי הקבלה הם פחות נוקשים במכללות השונות.
בהנדסת מזון יש דגש יותר על מערכות מעשיות שמעורבות בתהליך הייצור ולתהליכים תעשייתיים.
בביוכימיה ומדעי המזון עוסקים בתהליכים כימיים ובצד המחקרי.